怎样重装系统?

先在C盘安装了WIN98,后在D盘又安装了WIN2000,出现了双启动菜单,现在WIN2000很稳定,但是WIN98很不稳定,如何能够重装WIN98但又不破坏原来的双启动菜单?(我没有软驱)
有软驱有没有什么工具软件可以使用?

boot from CD-ROM
install win2k sp3
deltree win98&win98 progra~1\
install 98
也许菜单可以留下来……

菜单在c:\boot.ini里